Si vous faites les choses bien, vous versionnez vos projets pour ne jamais rien perdre. Si vous ne le faites pas PHPStorm intègre un historique local qui garde une trace de vos dernières modifications.
En plus de cet historique local PHPStorm intègre le support d'outils de versioning tel que git, subversion ou encore mercurial, ce qui vous permet de voir rapidement les fichiers modifiés mais aussi d'effectuer les tâches classiques (création de branches, commit, push, pull...)
