Bonjour,
je sais pas quelle arborescence tu as mis en place sur ton site, mais pourrquoi ne pas rediriger les liens qui n'existe pas sur une page d'erreur 404 que tu aurais faites ?
Ensuite , perso j'aime bien placer tous les css dans le même dossier et je les appelle par rapport à la base du site.
J'ai peut être pas bien compris ta question... il faudrait plus de détails sur l'arborescence
bien cordialement
Antho