J'ai pas tout compris, mais dans ton code tu as deux fois
<header class="branding fixed visible">
ayant des enfant avec la class div1 qui est contrôlé en fadeIn par ton js. Différencie tes class.
De plus, ton jquery indique
$(window).load( function () {
$('.div1').fadeIn('slow', function() {
$(this).fadeTo("slow", 1);
});
});
Tu fais un fadeIn et lorsque celui-ci est terminé tu fais une FadeTo à 1, ce qui revient à faire un autre fadeIn
Du coup ton premier header en class div 1 et le deuxième en class div2, et lors de ton évènement scroll down penser à mettre ton header div1 en FadeOut et l'inverse en scroll up ;)