Le MVC, chaque page que tu affiches va appeler 2 fichiers différents : le Controller et la Vue.
Donc imaginons que tu veuilles faire ta page produits, le mieux serait de créer un ProductsController.php dans ton dossier Controller/, ainsi qu'un dossier qui lui sera associé dans View/.
Si tu veux par exemple faire une page pour voir un produit, l'idéal serait d'avoir dans ton ProductsController une action show() (par exemple), et dans ton dossier View/Products/ une vue associée appelé show.php qui serait appelée en même temps.
Donc grosso modo la structure suivante pour tes fichiers :
Controller/
--- ProductsController.php
Model/
-
View/
--- Products/
--- --- show.php
.htaccess
index.php