Tu peux avoir un certificat pour un domaine et tous ces sous domaines ça s'appelle "WildCard SSL Certificates" en gros un certificat pour *.tondomaine.dtd
Après tu auras trois beaux fichier a mettre dans ton virtual host :443
SSLEngine on
SSLCertificateFile /chemin/vers/ton/certificat/mondomaine.cert
SSLCertificateKeyFile /chemin/vers/ton/certificat/mondomaine.key
SSLCertificateChainFile /chemin/vers/ton/certificat/mondomaine.chain