Codekit et codeigniter et arborescence de fichiers

bonjour à tous,

Je développe à mes heures une application web sous mac osx avec le framework codeigniter et l’application codekit de la manière suivante :

en dev sur une arborescence macport
/opt/local/apache2/www/html/mon_projet
application/
system/
wwww
build/
css/
js/
index.php
....
L’intégralité des fichiers est en mirroir sur le serveur de prod.
Vous l’aurez compris l’organisation est pas top !!!

j’aurais voulu l’organisation suivante :
/src
/application
/framework/codeigniter-3.1.1/system
/scss
/style.scss
/etc....
/js
/app.js
/vendors/etc...
/www/index.php
...
et
/build de l’application à publier en prod avec
/application
/system
/css
/js
/public/index.php
....

Comment synchroniser le chemin d’accès aux fichiers js et css finaux dans le fichier index.php de dev (/www/index.php) et le fichier index final de prod (/public/index.php), sans renomage manuel en utilisant codekit ?
Faut-il utiliser la possibilité de post script de codekit pour le faire où y a-t-il une autre façon de faire ?

Et comment fait-on pour tester le site « build » en local avant publication en prod ?

k.