Bonjour,
Je pense que ça vient du manque d'un fichier .htaccess redirigeant toutes les requêtes vers ton index.php.
Le site d'Altorouter explique ça sur cette page: http://altorouter.com/usage/rewrite-requests.html
Perso j'ai mis ces règles directement dans mon fichier vhost sur Wamp, et dans un .htaccess sur le serveur d'hébergement.