Bonjour.
Lorsque tu dis :
de façon automatisée
Veux-tu dire que le script s'effectue sans aucune intéraction nécessaire d'un utilisateur ?
Car si c'est le cas, l'ajax ne t'aidera pas étant donné que l'ajax et donc le javascript est un langage côté client et non côté serveur.
Quand tu parle de lots de fichiers, si c'est un fichier par mail, il te suffit par exemple de récupérer les addresses emails et leur fichier en les groupant puis à chaque groupe de mettre le script en sommeil pendant un certain temps, exemple :