Salut à tous, alors je m'auto répond.
Suite a de nombreux essais j'ai fini par trouver comment faire marcher l'ensemble.
onglet général :
Host : 127.0.0.1 (et non 192.168.56.101 / IP de ma VM)
Port : 3306
Database : test
user : root
password : 123
driver mariaDB
Onglet SSH/SSL
Use SSH tunnel coché
Proxy host : 127.0.0.1
Port : 2222 (et non 10200 voir le réglage du port dans vagrant ssh-config)
proxy user : vagrant
Auth key file : C:\Users\ykontas\PhpstormProjects\test\puphpet\files\dot\ssh\id_rsa
Dans le fichier my.cnf du serveur mysql, il n'est pas nécessaire de modifier le bind-adress, il faut garder 127.0.0.1
Sur le serveur Mysql, il faut créer un utilisateur ayant comme origine de connexion 127.0.0.1, créer une base de donnée, et lui donner tous les accès sur cette base
Dans le fichier vagrant, il faut faire la redirection de port :
config.vm.network "forwarded_port", guest: 3306, host: 3306
Voila, avec cela, les modification au niveau du serveur sont assez limité, et surtout ca fonctionne :)