Ben techniquement c'est plutôt simple...
Par exemple tu crées un sous dossier "Article" dans src/Controller, tu places un ArticleController.php à l'intérieur, son namespace sera donc App/Controller/Article
Si tu parles de l'organisation, tu peux faire ça par domaine fonctionnel, et là c'est lié au métier. Par exemple pour une app e-commerce, ça pourrait être Cart, Order, Product...