Salut,
Tu peux utiliser http://viewerjs.org/ pour afficher un pdf dans la fenetre de ton navigateur sans avoir à les télécharger.
Sinon, tu stocke les PDFs dans un dossier sur ton site et dans la base de donnée tu n'enregistre que le chemin pour y acceder. Par exemple "medias/pdf/mon_fichier.pdf".
Il faudra juste faire attention, au moment où tu enregistre les fichiers dans le dossier de ne pas écraser un PDF qui a le même nom.
J'ai pris pour habitude de prefixer mon nom de fichier avec une chaine aléatoire.
Kaimite