Je ne connais pas du tout Windows (pour le dev du moins), mais fait déjà un "which php" sur CMDer, il devrait te dire l'emplacement de PHP chez toi.
Je suppose qu'ensuite, il te faudra l'ajouter dans le PATH pour que SourceTree le trouve (ce qui est étrange par contre, c'est que tu as bien du le mettre pour CMDer ?), il te faudra surement redémarrer SourceTree.
C'est une piste en attendant d'avoir une réponse de qqun qui a eu le cas.