Yop.
Pourquoi tu ne recalcules pas les positions de l'élément .pac-container par rapport à l'élément #autocomplete?
Lorsque tu scroll l'élément .box, tu récupères les positions+tailles (avec .getBoundingClientRect(), tu as juste besoin de la position top et de la taille height) de l'élément #autocomplete. Puis tu défini la position top, qui est la somme de gbcRect.top + gbcRect.height, à l'élément .pac-container.
(gbcRect = le résultat de #autocomplete.getBoundingClientRect() ^^)