Bonjour,
Tu peux modifier le style comme tu veux, que ce soit pour Bootstrap, Material Design, ou quoi. (Ou sinon, c'est que je fais fausse route depuis des années ! :p)
Pour les input : qu'est ce que tu n'aimes pas ? Quel est / sont le(s) élément(s) qui te gene ?
Malheureusement il n'y aura pas une bonne réponse à ta question de "qu'est ce que l'user préfère". Ça dépend de beaucoup de chose. L'âge de ton public, son habitude avec le web, le style et le sujet global de ton site, etc.
Mais par contre, tu peux toujours trouver de l'inspiration sur ce site : http://tympanus.net/codrops/?s=input&search-type=posts (je t'ai même fait la recherche direct sur les input, trop gentille :p) par exemple celui-ci m'a l'air pas mal complet : http://tympanus.net/Development/TextInputEffects/
Il n'y a pas de mieux ou de moins bien : ça dépend toujours de ta cible. Essaye juste de rester dans l'idée globale du site : va pas faire un input en skeuomorphisme avec toutes tes pages en material / flat, fais attention comment tu mixes tes couleurs, etc.