Il va te falloir une table "facture_ligne" pour stocker les différents produits commandés.
Je te propose de visiter ce lien : FAQ Merise qui donne un exemple de MCD de boutique d'achat en ligne.
Par contre, pourquoi vouloir réinventer la roue, il y a des outils comme magento, prestashop, oscommerce, Virtue-Mart, Zen-cart et bien d'autres qui font très bien le travail. Chacun ayant ses avantages et ses inconvénients. Il vaut mieux s'en approprier un à mon avis.