Quelques questions ZiOu...
Tu utilises une solution existante ou c'est un développement personnel ?
A quoi à eu accès le pirate ? Ton serveur (dédié ou hébergement mutalisé ?), code (site défacé ?), base de données (mot de passe crypté ?), ftp, ssh ? Il faudrait que tu nous en dises déjà beaucoup plus et pour commencer, l'adresse de ton site.
Pour finir, la machine avec laquelle tu fais les mises à jour de ton site est elle équipée d'un bon antivius / firewall / antispyware ? Parce que si tu as un keylogger d'installé, tu peux changer autant de fois tes mots de passe et augmenter la sécurité de ton serveur et de tes scripts sans régler le problème. Le niveau de sécurité est toujours celui du maillon le plus faible.