Javascript & CodeIgniter

Bonjour,
Je n'arrive pas à faire fonctionner JavaScript avec CodeIgniter. J'ai chargé mes librairies dans mon code, Les liens existent bien et sont bons. Mais des que je fais appel au javascript mon navigateur ne l'interprète pas (FireFox5). En utilisant la console de Debbugage JS du navigateur je me rend compte qu'il ne charge aucune fonction.

Voici le code d'inclusion des fichiers JS :

<...>
        <noscript>
            <div class="cache" style="display : block;"></div>
            <div class="fenetre" style="display : block;">
                <h1>Javascript est désactivé</h1>
                <div>
                    <div class="message_information">Le site internet demande l'activation de javascript pour pouvoir fonctionner. Pour le réactiver référez vous au manuel d'utilisation de votre navigateur via la touche "F1" et en recherchant "Activer Javascript".</div>
                </div>
            </div>
        </noscript>
        <div id="curseur" class="infobulle"></div>
        <?php echo javascript('jquery') . "\n"; ?>
        <?php echo javascript('markitup') . "\n"; ?>
        <?php echo javascript('set') . "\n"; ?>
        <script type="text/javascript">
            $(function(){
                $('textarea').markItUp(mySettings);
            });
        </script>
    </body>
</html>

Voici le résultat après interprétation :

<...>
        <noscript>
            <div class="cache" style="display : block;"></div>
            <div class="fenetre" style="display : block;">
                <h1>Javascript est désactivé</h1>
                <div>
                    <div class="message_information">Le site internet demande l'activation de javascript pour pouvoir fonctionner. Pour le réactiver référez vous au manuel d'utilisation de votre navigateur via la touche "F1" et en recherchant "Activer Javascript".</div>
                </div>
            </div>
        </noscript>
        <div id="curseur" class="infobulle"></div>
        <script type="text/javascript" href="http://www.lisa.lan/Test/assets/javascripts/jquery.js"></script>
        <script type="text/javascript" href="http://www.lisa.lan/Test/assets/javascripts/markitup.js"></script>
        <script type="text/javascript" href="http://www.lisa.lan/Test/assets/javascripts/set.js"></script>
        <script type="text/javascript">
            $(function(){
                $('textarea').markItUp(mySettings);
            });
        </script>
    </body>
</html>

Les fichiers sont bons et mon fichier .htaccess est bon. Voici son contenu :

Options -Indexes
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|assets/|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]