Salut,
cette réponse est un peut être en retard :D il faut dire, cependant ça pourra aider d'autres personnes dans ce même cas de figure, et donc pour mettre un CounterCache dans une relation de type belongsToMany il faut mettre le CounterCache dans la table de liaison, par exemple pour les table Articles et Tags une troisième table ArticlesTags s'impose, et il suffit de mettre le CounterCache dans le fichier ArticlesTagsTable.php
et voila le tour est joué :)