Pour le déploiement je te conseille d'utiliser Capistrano avec le plugin Symfony.
Pour tes problèmes de bases de données ce sont des réflexions de conceptions.
Chaques client sont propre environnement ? Je ne crois pas.
Autant de base que de client ? Je ne pense pas non plus car tu vas avoir des difficultés à maintenir l'ensemble des BDD.