Si par "disque durs" tu veux parler des DD externe, alors oui, ils fonctionneront. Si ils sont formaté en NTFS, il te faudra simplement l'application "Tuxera NTFS"
Le NTFS n'étant pas pris en charge nativement sur Mac
Itunes n'est qu'un outil qui te facilite la gestion de tes musiques et le transfer vers tes ipod/iphone.
Tu peux continuer à créer et gérer ta musique par dossier. (Si tu utilises iTunes, privilégie les listes de lecture comme je le fais, un groupe/chanteur = une liste de lecture, c'est plus propre, après tu fais comme tu veux)
La chose bien avec iTunes Mac c'est que si tu viens à déplacer une musique d'un dossier à un autre, iTunes le détectera et mettra à jour sa librairie pour pas que tu es des musiques manquantes :)