Bonjour,
Je ne l'ai pas testé, mais tu peux utiliser https://github.com/nabble/php-masonry pour créer ton système de masonry directement en PHP. Ainsi, tu pourras faire l'export en PDF sans javascript.
Et si ça ne marche pas, tu peux exécuter du javascript avec tcpdf. Exemple : http://www.tcpdf.org/examples/example_053.phps