Salut ! En PHP ce n'est pas forcément évident. En gros tu as une base de données qui vérifie si des mises à jour sont déployées. Par exemple dans un fichier de conf tu as une variable $version qui vaut par exemple 1. Si le numéro de version en bdd est plus élevé que $version alors il y a une mise à jour. A partir de là tu peux faire une archive qui va écraser le code source de ton application (souvent un dossier src ou lib). Tu la télécharges et l'extrait en PHP.
http://www.timlinden.com/blog/website-development/unzip-files-with-php/
Enfin c'est une idée comme une autre ^^.