Il n'y a rien de vraiment compliqué à mettre en place. Il te suffit de faire un cookie avec la préférence de thème de ton utilisateur.
Par après, lorsque tu es dans la partie pour insérer le CSS et le JS, tu rajoutes des conditions sur le cookie précédement créé.
Je m'explique :
A toi de faire à ta manière, bien sûr !