J'ai résolu mon soucis grâce à une piste donnée sur le IRC :)
En gros j'avais, pour je ne sais quelles raisons, la ligne index.php dans Settings => File type > text file.
Hop, on delete et c'est bon.
Je ne l'ai jamais rajouté manuellement... Je ne sais pas par quelle action elle s'est ajoutée cependant.