J'ai regardé la doc du plugin, et il est indiqué que ce plugin va aller chercher une balise <pre> qui aurait une classe spécifique et c'est dans cette balise que sera faite la coloration syntaxique.
Par ailleurs il est indiqué que tous les tags HTML < et > doivent être échappés en < et > pour que cela fonctionne.
Y a aussi la méthode script qui semble attendre du CDATA mais pas obligatoirement
A ce que je comprends de la façon dont tu initialises CKEditor, tu cherches à faire que lors d'un clic sur le bouton "Code" de la toolbar, le code affiché soit coloré. Est-ce bien cela ?
En cherchant un peu, pas mal de gens ce sont plaint du non-fonctionnement du plugin selon leur configuration, et en effet quand on regarde la librairie des plugins, les versions de SyntaxHighlight sont loin d'être toutes compatibles avec CKE : http://ckeditor.com/addon/syntaxhighlight
Le souci pourrait venir de là.