Perso je n'utilise rien de spécial, mais avec le inputDefaults du form->create on arrive à obtenir quelque chose de bien sans trop d'efforts :
echo $this->Form->create('Model',array(
'inputDefaults'=>array(
'div'=>'form-group',
'class' => 'form-control'
),
'role'=> 'form',
'type' => 'file'
));
//un input classique
echo $this->Form->Input('Model.attribut');
//un select avec une dimension de 3 colonnes
echo $this->Form->input('Model.associaction_id', array('div' => 'col-lg-3', 'options' => $optionsDuSelect));
L'utilisation des plugins est pas mal aussi :)