Si je comprends bien, tu as tapé tout le début de ton site sans jamais l'avoir mis sur un serveur pour le tester au fur et a mesure ??
... si c'est la cas tu risques de trouver d'autres erreurs ...
Pour ton problème en particulier, je regarderais en premier vers l'url rewriting s'il yen a un ... je commencerai meme par mettre un seul fichier dans ton webroot avec un phpinfo, et a debugger jusqu'a ce qu'il s'affiche ... mais t'aider comme ca, a partir de rien, ca risque de pas etre simple ...