Kube framework et cake

Bonsoir.
Je ne connais pas Kube, mais il te suffit de déclarer ton/tes fichier(s) CSS dans le layout, idem pour les fichiers JS.
Sinon je ne vois pas ce que tu veux dire.

En fait je suis toujours obligé de preciser les class , surtout dans les formulaires, sinon ca me faire un presentation très moche

Regardes si des plugins/helpers ou javascripts existent pour styliser les formulaires rendus par CakePHP pour qu'ils soient compatible avec la structure CSS de Kube sans avoir à modifier les fichiers CSS.
Ou alors tu te crée un helper ou autre si tu te sens de le faire.
Sinon à part ça, il n'y a pas d'autre moyen, à moins de modifier directement dans le code du Helper Form de CakePHP de ton application, mais ce n'est pas conseillé.

Dommage qu'il n'y a pas l'équivalent du bootstraptifier

Tu peux faire un Helper qui extends le FormHelper pour ne pas te prendre la tête.