Salut,
Tu peux lancer du code jquery dans un Controller angularJS donc pas de problème pour la compatibilité. AngularJS est totalement compatible avec jQuery ( c'est même une recommandation). Il te suffit d'initialiser ton plugin dans le controller angular et comme ça tu as accès à tout ce dont tu as besoin.
Tu peux faire de même pour tes directives. Attention aux dépendances implicites par contre.