Salut, Abdxd !
Le mieux, c'est d'utiliser du PHP, avec un système d'inclusion de fichiers. Tu auras un fichier header.php, par exemple, qui aura toute l'en-tête du site, <head> compris, donc, le <link rel="stylesheet"...> aussi. Ce sera toujours le même. Tu n'auras plus qu'à l'inclure sur tes autres pages au moyen d'une instruction include ou require. De la même façon, tu auras un footer, inclus dans toutes tes pages. Ainsi, la structure de tes pages sera toujours la même.
Je t'invite à visionner les tutoriaux sur PHP, car ce langage (ou tout autre langage de programmation équivalent) est indispensable pour la bonne construction d'un site.