Peut être un conflit avec un script que tu charge après.
Si dans le 1er cas tu charge Jquery, Caroufredsel et un script C, le script peut poser des problèmes de comptabilité avec Jquery (voir jQuery.noConflict() pour résoudre ça.
Si dans un deuxième cas tu charge ton script C avant Jquery, cela peut fonctionner en effet. J'avais eu quasiment le même problème sur un projet.
En tout cas, pour répondre au sujet, il vaut mieux charger tes fichiers javascripts en bas de page, cela va optimiser le temps de chargement de ta page.