Salut,
Imaginons que le fichier est /home/foo/Documents/bar.run. Pour l'exécuter, il faut que tu ailles dans /home/foo/Documents (avec cd ~/Documents) et que tu fasses ./bar.run (avec un sudo devant si il te faut les droits d'admin). Tu n'es pas obligé d'aller dans ce dossier exactement, mais c'est le plus simple (il faut que ta commande soit le chemin relatif vers le fichier en commancant par ./).
Si jamais tu as encore une erreur, tu n'as peut-être pas les droits pour l'exécuter. Dans ce cas, faire un coup de chmod +x bar.run est le plus simple.