Le Core c'est le système de ton "framework", c'est lui qui va contenir les classes générales qui vont te permettre de coder ton site. La classe principale du Controller, de ton Model...
Quand tu vas créer les pages de ton site, tu vas avoir un fichier à inclure à chaque fois, par exemple le blog_controller.php étendra le Controller.php contenant la classe Controller, qui se trouve dans ton dossier Core.
Je sais pas si je suis très clair, mais c'est assez difficile à expliquer simplement, je trouve :p