Salut,
je ne me suis pas encore trop familiarisé avec Jquery et de comment transmettre un tableau (je crois avec json_encode($array) mais il y a surement d'autres méthodes par POST) mais dans tout les cas tu peux améliorer ta partie PHP en utilisant PHP GLOB. Cela t'évite de trier les "." et ".." et tu n'a pas besoin d'ouvrir ou fermer quoi que se soit pour avoir un tableau bien rangé et même filtré par chemin et ou extensions.
Pour ta question principale, perso, je simplifierais en envoyant un tableau déjà structuré par les balises, surtout si tu souhaite afficher les dossiers parent ou enfant dans ton traitement Jquery. Et je trouve "ul" et "li" bien plus adapté que des "div", au moins du point de vue sémantique. Détecter l'imbrication des listes dans d'autres devrais pouvoir se faire en CSS ... ou avec ton script Jquery ?
bonne chance