C'est une approche simple aux namespace, les "uses" au début des controller et model.
Un equivalent de : "use App\Controller\AppController" ou "use App\Model\AppModel", il ne sont pas indispensable aujourd'hui, mais le deviendront très certainement par la suite dans de futures maj. L'idéal sera de s'y préparer aujourd'hui déjà et de les appeler au début de chaque controller ou model, afin que la prochaine maj fonctionne directement sans souci.
Ils font certainement ça pour garder une retrocompatibilité quelques temps encore et ne pas avoir de saut abrupts dans les conventions posées.
En ce qui concerne le build, je ne sais pas du tout à quoi il correspond, j'avouerai ne jamais m'y être penché.