Tu veux dire les animations d'apparition de l'élément ? Ce comportement est du au fait que l'élément n'est plus dans le DOM avec display:none et donc il réapparaît brutalement..
C'est pas forcément l'idéal mais tu peux privilégier des méthodes qui le laissent dans le DOM mais de manière invisible (visibility, opacity..)
Sinon il y a des librairies qui peuvent gérer les animations à l'apparition depuis un display:none