Bonjour,
Le bundle LexikJWTAuthenticationBundle sert à s'authentifier sur une api avec un Jwt token.
Après avoir envoyé un couple login/password et si l'authentification est réussie, le bundle va créer un token contenant les informations de l'utilisateur et va le signer avec la clé privée. A chaque requête il faut joindre le token afin d'authentifier l'utilisateur courant, le bundle vas vérifier si la signature du token est bonne, dans ce cas il charge l'utilisateur qui correspond. Il n'y as pas de session avec ce système.
La fonction make:user est une fonction afin de créer l'entité User qui sera la base pour l'authentification de vos utilisateurs.
C'est le point de départ.
La fonction make:auth permet de créer la logique pour s'authentifier sur votre application comme par exemple le formulaire de login et la route de logout ou aussi ajouter des actions après qu'un User se soit loggé. C'est bien expliqué sur la doc: https://symfony.com/doc/current/security/form_login_setup.html
Dans le cas d'une authentification par jwt cette partie n'est pas nécéssaire.
Pour make:registration-form c'est uniquement pour créer un formulaire d'inscription à votre application.