Utiliser PEAR reviens à la même chose qu'utiliser composer.
Tu ne peux pas inclure PHPUnit comme une extension PHP car s'en ai pas une, c'est une librairie PHP.
Donc si tu veux t'en servir sans composer il faut que tu télécharges les sources et les dépendances de PHPUnit et les installes dans ton project et le registrer à ton autoloader.
Bon maintenant autres question, pourquoi tu utilises pas composer ?
Ce n'est pas parce que tu utilises composer que tu dois utiliser pleins de dépendances.
Je peux comprendre pourquoi tu veilles tenter d'implémenter un autoloader pour voir comment ça marche mais n'utilise pas ça en prod, ça ne sert ça rien de réinventer la roux pour quelque chose d'aussi standardisé (PSR-4).
Le gros avantages de composer c'est que tu n'as pas besoin de t'occuper d'aller chercher toutes les dépendances pour un librairie que tu veux utiliser comme PHPUnit, car si je ne m'en abuse PHPUnit à besoin de 8 dépendances qui eux aussi peuvent avoir des dépendances, qu'il va falloir que tu télécharge manuellement et que tu pourras pas mettre à jours car tu sais pas si avec une nouvelle version ça va pas casser une autre librairie.
Donc en gros le seul conseil pratique que j'ai a te donner c'est d'utiliser une solution testé et universelle qui est Composer et son autoloader. De plus si tu es en train de factoriser ton appli c'est un bon moment pour l'intégrer à ton framework custom.