Gestion des droits optimal - Serveur web

Bonjour,
Etant novice dans l'administration Linux j'aimerais quelques conseils au niveau des droits des dossiers pour la gestion d'un serveur web.
Je m'explique plus en details :

• J'ai actuellement un site dans /var/www/monsite.
• Mon utilisateur ssh est "root".
• J'ai mis en place proftpd et creer "monuser" et qui est dans le groupe www-data.

En gros je rencontre souvent des soucis entre les droits d'access FTP et les droits depuis le site, soit je n'arrive pas à uploader sur le serveur FTP car je n'ai pas les droits ou alors c'est le site qui n'a plus le droit d'ecrire.
Je ne comprends pas comment mon utilisateur "monuser" et "www-data" (qui est l'utilisateur qui gere apache si j'ai bien compris) peuvent fonctionner en enssemble et pas l'inverse.
Si vous avez des conseils pour configurer mon serveur au niveau des CHMOD/CHOWN et entre les utilisateur FTP & WEB ça serait vraiment formidable.

Merci à vous.