Ca fait 2 ans que j'utilise bower et npm sur tous mes projets et je me retrouve toujours face à un problème d'organisation.
ben le principe d'un gestionnaire de paquet c'est d'installer tes depandances et du coup de gerer les dependances (CQFD) pas de gérer l'organisation du projet
Mais cette modification doit être transporter avec le projet, alors on copie tous les fichiers qui sont affectées dans notre projet, et au final bower ou npm ne sert plus à grand chose.
ben oui normale ils ne sont pas la pour ca. pour deplacer et copier c'est gulp, broccoli, brunch, grunt ou encore webpack qui s'occupe de ca, quoi que webpack c'est differents.
petit info, une bonne partie des composant bower sont sous npm du coup c'est plus simple de gérer qu'une liste de dependance plutot que plusieur pour la mise a jour de celle-ci.