Salut,
On ne développe pas sur Linux juste pour développer sur Linux. L'avantage de techniques telles que les VM ou Docker pour dev, c'est qu'on a exactement le même système en dev, en testing et en prod (ce qui évite tout problème lié à des différences dans l'environnement) et comme la prod utilise très (très) souvent Linux, on utilise Linux en dev.
L'intérêt de Linux en prod, c'est sa stabilité et son ouverture.
les services (Apache, MySQL...) seront en ligne de commande
Ça ne veut rien dire. Sous Windows aussi on utilise la ligne de commande, c'est juste que la majorité des devs sous Windows utilisent des GUI qui servent d'interfaces à la ligne de commande.
Tu peux très bien te connecter, avec ton poste Windows, avec un GUI MySQL sur un serveur qui tourne debian. Tu verras la bdd du serveur. C'est d'ailleurs ce qu'on fait quand on utilise HeidiSQL dans une box vagrant ou un container Docker.