Bonsoir,
Je n'y connais pas grand chose en site de e-commerce, mais sur mon lieu d'étude (DUT info), les mecs qui en ont déjà fait vendent surtout des installations de wordpress avec woocomerce, et à priori ça fait le taff ^^
Après, les deux autres logiciels que tu as cité ont quand même bonne réputation aussi (et il arrive qu'on en parle sur nos groupes de promo), le mieux je pense est que tu installe un environement local sous WAMP ou équivalent et que tu essaies un peu les trois voir lequel correspond le mieux à tes attentes :)
Concernant Java, je ne l'ai jamais utilisé en web, seulement en système, je ne peux pas te donner de retour là-dessus :/