Hello :)
Pour Sequel Pro, tu peux t'y connecter en ssh:
Il te faut l'hôte mysql du container mysql sous docker, l'ip de la machine, l'utilisateur ssh et le mot de passe ssh.
Hôte SSH: <boot2docker ip>
Tu peux le récupérer en tapant la commande: (vu sur le tuto)
$ boot2docker ip
192.168.59.103
Hôte MySQL: <docker_mysql ip>
Tu peux le récupérer en te connectant en ssh et en tapant l'une de ces commandes:
$ docker inspect -f="{{.NetworkSettings.IPAddress}}" docker_nomducontainerMYSQL_1
172.17.0.3
Tu peux aussi faire un "ping nomducontainerMYSQL" dans un container qui est lié à mysql pour récupérer l'hôte. Par exemple si mysql est lié a php: (vu sur le tuto)
$ docker exec -ti docker_nomducontainerPHP_1 bash
$ ping nomducontainerMYSQL
> PING nomducontainerMYSQL (
172.17.0.3): 56 data bytes
Utilisateur SSH: docker
Clé SSH: tcuser

Pour php, s'ils sont liés (les containers) un simple "nomducontainerMYSQL" en nom d'hôte et le tour est joué sinon l'hôte mysql (voir Hôte MySQL), je crois :-)
Voili voilou ^^