Le code généré par la console tien compte du fait que le composant Security est activé lors de la génération du Controller, de sorte à justement ne pas avoir besoin de faire tout le process de sécurisation comme dans le tuto de Grafikart. Cake détectera automatiquement si des faux champs ont été ajoutés et bloquera la requête.
Le fait de rajouter le $this->User->create() force Cake à faire un INSERT et non pas un UPDATE même si le champ id est renseigné.
Donc pour répondre à ta question, tu peux faire confiance au code généré par la console, sauf si tu désactive le composant Security.